和傳統結構建筑一樣，氣膜結構建筑并非完美無缺，常見的問題有以下幾類：
（1）氣密性被破壞
充氣膜結構建筑以空氣為支撐，對密封性要求比較高，是否漏氣是最重要檢查要素。所以需要定期對充氣膜的各個連接點的密閉性、強度、剛度等進行檢驗，檢查膜結構建筑是否存在漏氣風險。同時還需要檢查充氣膜膜材外觀是否有損傷、錨固螺栓等金屬構件的防腐性能是否被破壞等。
（2）膜材褶皺或損壞
氣膜膜材是一種抗彎、抗壓剛度趨近于零的材料，在設計中進行找型分析、荷載分析，膜材不會產生褶皺。一般對于正在交異性的薄膜材料，當一個方向的主應變出現負值時，膜單元將出現單向褶皺狀態或全褶皺狀態。
因為氣膜結構建筑是柔性建筑，遇強風時會因擺動而產生位移，通過位移來重新分布作用在結構上的荷載。所以氣膜主體需要和室內外的大型設備、建筑物保持適當的安全距離，防止膜體破壞。氣膜害怕尖銳物體劃割，因此氣膜建筑內部所有具有尖棱的設備和物體，要注意用墊子保護和隔離，避免接觸并劃傷膜結構主體。
（3）氣壓差異常
對于充氣膜結構來說，保持充氣壓力在設計的范圍之內，是維持氣膜建筑正常運行的關鍵所在。若氣膜建筑的室內外氣壓差值異常，將會影響充氣膜結構的穩定性，使之不足以抵抗強風和大雪的破壞。
充氣壓力跟基礎的錨固狀態、風機設備、控制系統、備用電源和充氣膜結構本身等都緊密相關，因此，在日常的使用和維護過程中，要確保這些設備始終處于正常的運行狀態。
（4）色差
膜材在生產過程中需要在聚酯纖維織物或玻璃纖維織物的基材上涂以各種相應的涂層，以改善膜材的耐久性、抗水性、自潔性、抗紫外線燈物理性能。然而不同批次生產的膜材往往色澤存在一定差異，若將色澤差異明顯的膜材置于同一工程中必然影響氣膜建筑的美觀性。
